直接显微镜计数方法基于分析样品中微生物的显微镜检查原理。 为此目的开发了许多计数技术，并且存在适用于这些技术的设备。 最常用的直接显微镜计数方法使用特殊的显微镜镜片，例如Howard幻灯片或Thoma载玻片或普通载玻片或具有特定制剂的膜过滤器。 直接显微计数方法具有计数所有活的和非活的微生物的严重缺点，但它们也具有许多优点。 例如，制作简单且便宜，并且还导致非常短的时间。

应用这些方法的显微镜因素是1 cm2区域中的视场数。 在确定显微镜的视野之后，计算显微镜因子。 通常，品种方法用于细菌计数。 该方法的基础是将一定体积的分析样品分布在某一区域，并在该区域进行普查。 标准测量值为体积0,01 ml和面积1 cm2。

相反，液体测试样品中细菌和酵母的微观计数通过Breed方法进行。 例如，通过该方法确定原料乳和一些乳制品中的细菌总数。 在该方法中，活细菌和非活细菌一起计数。

直接显微计数法的优点是可以在很短的时间内获得，容易，成本低，可以在计数时确定微生物的细胞形态。 该方法的缺点是眼睛疲劳，活细胞和非活细胞不分化，样品中的颗粒与细胞混合，得到的计数结果总是高于其他计数结果。

在微生物分析框架内，在先进的实验室中进行直接显微计数研究。 在这些研究期间，遵循国内外组织发布的标准和分析方法。