Diversos agentes desinfetantes degradam as substâncias proteicas e enzimas coagulando ou interrompendo sua estrutura orgânica. Naturalmente, as células morrem nesse estado. Os desinfetantes incluídos neste grupo incluem álcalis e ácidos.

Alguns desinfetantes se ligam a enzimas de microrganismos e alteram a estrutura e as atividades químicas dessas enzimas e as tornam inoperáveis. Neste caso, o metabolismo do microrganismo é interrompido e as células morrem. Desinfetantes incluídos neste grupo também incluem metais pesados, sais, agentes oxidantes e detergentes, bem como substâncias alcalinas.

Os desinfetantes são divididos em duas partes como desinfetantes orgânicos e inorgânicos, baseados em sua estrutura química. O efeito de desinfetantes orgânicos aumenta em proporção direta com o número de carbono e hidrogênio em sua estrutura. O efeito de desinfetantes inorgânicos depende do seu grau de ionização na água.

Álcalis e ácidos pertencem ao grupo de compostos inorgânicos. São desinfetantes de várias concentrações, como ácido sulfúrico, ácido clorídrico, amônia, hidróxido de sódio e hidróxido de potássio, usados ​​para fins de desinfecção. Estes desinfetantes alcalinos ou ácidos atuam sobre proteínas e são destrutivos para microorganismos.

Hidróxidos de metais e hidróxido de amônio são geralmente referidos como álcali. Na indústria química, o termo álcali é usado para hidróxido de sódio, carbonato de sódio, hidróxido de potássio, carbonato de potássio e hidróxidos e compostos carbonato de cálcio, bário, magnésio e amônio. Os elementos de sódio e potássio, que representam cerca de cinco por cento do globo, são os mais abundantes em metais alcalinos.

Todos esses compostos químicos também são usados ​​na produção de agentes de limpeza e desinfetantes.

Os desinfetantes alcalinos também são analisados ​​nos laboratórios autorizados no âmbito de análises físicas e químicas de desinfetantes. Esses laboratórios usam métodos de teste e critérios de teste aceitos mundialmente em seus estudos e são baseados em padrões emitidos por organizações locais e estrangeiras.