მიკროსკოპული დათვლის მეთოდები ეფუძნება ანალიზის ნიმუშში მიკროორგანიზმების მიკროსკოპული გამოკვლევის პრინციპს. ამ მიზნისთვის არსებობს მრავალი დათვლის ტექნიკა და ამ ტექნიკისთვის შესაფერისი აღჭურვილობაა. ყველაზე ხშირად გამოიყენება პირდაპირი მიკროსკოპული დათვლის მეთოდები სპეციალური მიკროსკოპით, როგორიცაა ჰოვარდ სლაიდები ან თომას სლაიდები ან ნორმალური სლაიდები ან მემბრანის ფილტრები სპეციფიკური მომზადებით. პირდაპირი მიკროსკოპული დათვლის მეთოდები სერიოზულ ზიანს აყენებს ყველა ცოცხალ და არაცხოვრებულ მიკროორგანიზმს, მაგრამ მათ აქვთ ბევრი უპირატესობა. მაგალითად, ეს არის მარტივი და იაფი, რათა და ასევე მოკლე დროში.

მიკროსკოპული ფაქტორი ამ მეთოდების გამოყენებას წარმოადგენს 1 სმ. მიკროსკოპის თვალსაზრისის განსაზღვრის შემდეგ მიკროსკოპის ფაქტორი გამოითვლება. ზოგადად, ჯიშის მეთოდი გამოიყენება ბაქტერიული დათვლისთვის. ამ მეთოდის საფუძველია ის, რომ ანალიზის ცალკეული ნიმუში ვრცელდება გარკვეულ ტერიტორიაზე და აღწერს ამ სფეროში. სტანდარტული გაზომვა არის მოცულობის 2 მლ და ფართობი 0,01 სმ.

პირიქით, ბაქტერიის მიკროსკოპული რიცხვები და თხილი ტესტების ნიმუშებში ხორციელდება ჯიშის მეთოდით. მაგალითად, ამ მეთოდით განისაზღვრება ნედლეულისა და ზოგიერთი რძის პროდუქტების ბაქტერიების საერთო რაოდენობა. ამ მეთოდით, ცოცხალი და არამატერიალური ბაქტერიები ერთმანეთთან ერთად ითვლიან.

უშუალო მიკროსკოპული დათვლის მეთოდის უპირატესობა ის არის, რომ მისი მიღება შესაძლებელია ძალიან მოკლე დროში, მარტივია, მიკროორგანიზმების დაბალი ღირებულება და უჯრედის მორფოლოგია განისაზღვრება. ამ მეთოდების ნაკლოვანებები ის არის, რომ თვალები გაღიზიანებულია, სიცოცხლისუნარიანი და უწყვეტი უჯრედები არ განსხვავდება, ნიმუშში ნაწილაკები შერეულია საკნებში და მიღებული დათვლის შედეგები ყოველთვის მაღალია, ვიდრე სხვა დათვლის შედეგები.

მიკროსკოპული გამოთვლითი კვლევები ჩატარებულია მიკრობიოლოგიური ანალიზის ფარგლებში მოწინავე ლაბორატორიებში. ამ კვლევებში მოყვება შიდა და უცხოური ორგანიზაციების მიერ გაცემული სტანდარტებისა და ანალიზის მეთოდები.