Negli studi di microbiologia alimentare, muffe e lieviti sono generalmente gestiti insieme. Ci sono due ragioni per questo. La prima ragione è che muffe e lieviti provengono dalla famiglia dei funghi. La seconda ragione è che lieviti e muffe si sviluppano sui media in modo tale da poter essere facilmente separati l'uno dall'altro. Le muffe sono funghi pluricellulari e possono formare una comunità. I lieviti sono unicellulari e generalmente non formano una comunità. Alcune varietà di lievito hanno una grande importanza economica nella produzione di pane, vino e birra. Alcune varietà di muffe sono utilizzate nella produzione del formaggio. Tuttavia, è un dato di fatto che molte specie di muffe e di lieviti creano condizioni indesiderate nel settore della fermentazione e degli alimenti. Tali lieviti e muffe portano al degrado degli alimenti.

Stampi e lieviti possono crescere in una vasta gamma di valori di pH, temperatura di conservazione e attività dell'acqua. Può facilmente svilupparsi in ambienti ricchi di sale e zucchero. Le muffe e i lieviti che causano il deterioramento creano un sapore amaro e un cattivo odore negli alimenti. Alcuni tipi di muffe secernono sostanze tossiche e causano avvelenamento se questi alimenti vengono consumati.

La formazione di muffe e lieviti di solito si verifica quando:

• Commercializzazione esterna di prodotti alimentari
• Esposizione di prodotti alimentari prima dell'imballaggio a causa delle tecnologie utilizzate nella produzione
• Anche se i prodotti alimentari sono pastorizzati, la contaminazione dai materiali utilizzati negli imballaggi
• Sono stati applicati trattamenti alimentari diversi dai processi di lavaggio, raffreddamento o congelamento

Nei conteggi di muffe e lieviti vengono utilizzati metodi di test rapidi e metodi di test avanzati. Nei laboratori autorizzati, gli studi di conteggio di muffe e lieviti vengono eseguiti con metodi di test rapidi nell'ambito di analisi microbiologiche. Durante questi studi, sono seguiti standard e metodi di prova emessi da organizzazioni nazionali e straniere. Vengono presi in considerazione gli standard TS ISO 21527-1 e TS ISO 21527-2.