Il conteggio delle muffe e dei lieviti è un indicatore di qualità molto importante negli alimenti che vengono tenuti all'aria aperta prima del processo di imballaggio a causa della tecnologia di produzione applicata, che può essere contaminata dai materiali di imballaggio utilizzati anche se i prodotti alimentari sono pastorizzati e che non vengono lavorati da altri processi tecnologici diversi dal lavaggio e dal congelamento e commercializzati dai consumatori.

Il numero di stampi è molto elevato nel tipo di spezie, i prodotti che sono a contatto con il terreno e sono macinati e confezionati senza nemmeno lavare. D'altra parte, la quantità di lievito è maggiore nei prodotti a base di zucchero.

Nella microbiologia alimentare, il numero totale di lieviti e muffe è generalmente considerato insieme. Come nell'analisi della conta batterica totale, il numero totale di muffe e cellule di lievito colonizzate con condizioni di incubazione appropriate su un mezzo adatto fornisce il conteggio di muffe e lieviti. In generale, questi due gruppi di microrganismi crescono facilmente nell'analisi eseguita con i terreni comunemente usati per lieviti e muffe.

In molti standard generalmente accettati, viene preso in considerazione il numero totale di muffe e lieviti. Tuttavia, i conteggi di muffe e di lieviti sono richiesti separatamente nelle applicazioni commerciali. In questo caso, questi due gruppi di microrganismi vengono conteggiati separatamente considerando la morfologia delle colonie dei media, oppure vengono utilizzati supporti diversi a seconda dello scopo. Ad esempio, il propionato di sodio viene aggiunto ad una concentrazione di 0,25% alla composizione media per la crescita dei soli lieviti e la crescita della muffa è inibita. I conteggi totali di muffe e lieviti vengono solitamente incubati a gradi 25-28 e giorni 5.

Gli studi di conteggio delle muffe e dei lieviti sono condotti in laboratori autorizzati nell'ambito di analisi microbiologiche. Durante questi studi, sono seguiti standard e metodi di prova emessi da organizzazioni nazionali e straniere. Vengono presi in considerazione gli standard TS ISO 21527-1 e TS ISO 21527-2.