I metodi di conteggio microscopico diretto si basano sul principio dell'esame microscopico dei microrganismi nel campione analizzato. Ci sono molte tecniche di conteggio sviluppate per questo scopo e ci sono attrezzature adatte per queste tecniche. I metodi di conteggio microscopico diretto più comunemente usati utilizzano lenti per microscopio speciali come scivoli Howard o vetrini Thoma o vetrini normali o filtri a membrana con una preparazione specifica. I metodi di conteggio microscopico diretto hanno il grave svantaggio di contare tutti i microrganismi vivi e non viventi, ma hanno anche molti vantaggi. Ad esempio, è facile e poco costoso da realizzare e si traduce anche in un tempo molto breve.

Il fattore microscopio nell'applicazione di questi metodi è il numero del campo visivo in un'area di 1 cm2. Dopo aver determinato il campo visivo del microscopio, viene calcolato il fattore del microscopio. In generale, il metodo Breed viene utilizzato per il conteggio batterico. La base di questo metodo è che un certo volume di campioni di analisi è distribuito su una determinata area e il censimento viene eseguito in quest'area. Le misure standard sono volume 0,01 ml e area 1 cm2.

Piuttosto, il conteggio microscopico di batteri e lieviti in campioni liquidi viene eseguito con il metodo Breed. Ad esempio, il numero totale di batteri nel latte crudo e alcuni prodotti lattiero-caseari è determinato da questo metodo. In questo metodo, i batteri viventi e non viventi sono contati insieme.

I vantaggi del metodo di conteggio microscopico diretto sono che può essere ottenuto in un tempo molto breve, è facile, è a basso costo e la morfologia cellulare dei microrganismi può essere determinata durante il conteggio. Gli svantaggi di questo metodo sono che gli occhi sono affaticati, le cellule vitali e non vitali non sono differenziate, le particelle nel campione sono mescolate con le cellule e i risultati del conteggio ottenuti sono sempre superiori agli altri risultati del conteggio.

Gli studi di conteggio microscopico diretto sono condotti in laboratori avanzati nell'ambito di analisi microbiologiche. Durante questi studi, vengono seguiti standard e metodi di analisi emessi da organizzazioni nazionali e straniere.