Un certain nombre d'agents désinfectants décomposent les substances protéiques et les enzymes en coagulant ou en perturbant leur structure organique. Naturellement, les cellules meurent dans cet état. Les désinfectants compris dans ce groupe comprennent les alcalis et les acides.

Certains désinfectants se fixent aux enzymes de microorganismes et modifient la structure chimique et les activités de ces enzymes et les rendent inutilisables. Dans ce cas, le métabolisme du microorganisme est perturbé et les cellules meurent. Les désinfectants compris dans ce groupe comprennent également les métaux lourds, les sels, les agents oxydants et les détergents, ainsi que les substances alcalines.

Les désinfectants sont divisés en deux parties en tant que désinfectants organiques et inorganiques en fonction de leur structure chimique. L'effet des désinfectants organiques augmente directement proportionnellement au nombre de carbone et d'hydrogène dans leur structure. L'effet des désinfectants inorganiques dépend de leur degré d'ionisation dans l'eau.

Les alcalis et les acides appartiennent au groupe des composés inorganiques. Ce sont des désinfectants de différentes concentrations, tels que l'acide sulfurique, l'acide chlorhydrique, l'ammoniac, l'hydroxyde de sodium et l'hydroxyde de potassium, utilisés à des fins de désinfection. Ces désinfectants alcalins ou acides agissent sur les protéines et sont destructeurs pour les micro-organismes.

Les hydroxydes de métaux et l'hydroxyde d'ammonium sont généralement appelés alcalins. Dans l'industrie chimique, le terme alcalin est utilisé pour l'hydroxyde de sodium, le carbonate de sodium, l'hydroxyde de potassium, le carbonate de potassium et les hydroxydes et composés de carbonate de calcium, de baryum, de magnésium et d'ammonium. Les éléments de sodium et de potassium, qui représentent environ cinq pour cent de la planète, sont les plus abondants dans les métaux alcalins.

Tous ces composés chimiques sont également utilisés dans la production d’agents de nettoyage et de désinfectants.

Les désinfectants alcalins sont également analysés dans les laboratoires agréés dans le cadre d'analyses physiques et chimiques des désinfectants. Ces laboratoires utilisent des méthodes de test et des critères de test reconnus dans le monde entier dans leurs études et sont basés sur des normes publiées par des organisations locales et étrangères.