Les méthodes de comptage microscopique direct reposent sur le principe de l'examen microscopique des microorganismes dans l'échantillon analysé. Il existe de nombreuses techniques de comptage développées à cette fin et il existe un équipement adapté à ces techniques. Les méthodes de comptage microscopique direct les plus couramment utilisées utilisent des lentilles de microscope spéciales telles que des lames de Howard ou de Thoma ou des lames normales ou des filtres à membrane avec une préparation spécifique. Les méthodes de comptage microscopique direct présentent le grave inconvénient de compter tous les microorganismes vivants et non vivants, mais elles présentent également de nombreux avantages. Par exemple, il est facile et peu coûteux à fabriquer et donne également des résultats en très peu de temps.

Le facteur de microscope dans l'application de ces méthodes est le nombre de champs de vision dans une zone de 1 cm2. Après avoir déterminé le champ de vision du microscope, le facteur de microscope est calculé. En général, la méthode de la race est utilisée pour le comptage bactérien. Cette méthode repose sur le fait qu’un certain volume d’échantillons d’analyse est réparti sur une zone donnée et que le recensement est effectué dans cette zone. Les mesures standard sont le volume 0,01 ml et la surface 1 cm2.

Au lieu de cela, les comptages microscopiques de bactéries et de levures dans des échantillons de test liquides sont effectués par la méthode Breed. Par exemple, le nombre total de bactéries présentes dans le lait cru et certains produits laitiers est déterminé par cette méthode. Dans cette méthode, les bactéries vivantes et non vivantes sont comptées ensemble.

La méthode de comptage microscopique direct présente l’avantage de pouvoir être obtenue très rapidement, de manière simple, économique et de déterminer la morphologie cellulaire des microorganismes lors du comptage. Les inconvénients de cette méthode sont que les yeux sont fatigués, que les cellules viables et non viables ne sont pas différenciées, que les particules de l'échantillon sont mélangées aux cellules et que les résultats de comptage obtenus sont toujours supérieurs aux autres résultats de comptage.

Des études de comptage microscopique direct sont effectuées dans des laboratoires avancés dans le cadre d'analyses microbiologiques. Au cours de ces études, les normes et les méthodes d'analyse établies par des organisations nationales et étrangères sont suivies.