Una serie de agentes desinfectantes descomponen las proteínas y las enzimas mediante la coagulación o la alteración de su estructura orgánica. Naturalmente, las células mueren en este estado. Los desinfectantes incluidos en este grupo incluyen álcalis y ácidos.

Algunos desinfectantes se adhieren a las enzimas de los microorganismos y cambian la estructura química y las actividades de estas enzimas y las hacen inoperables. En este caso, el metabolismo del microorganismo se altera y las células mueren. Los desinfectantes incluidos en este grupo también incluyen metales pesados, sales, agentes oxidantes y detergentes, así como sustancias alcalinas.

Los desinfectantes se dividen en dos partes como desinfectantes orgánicos e inorgánicos según su estructura química. El efecto de los desinfectantes orgánicos aumenta en proporción directa con el número de carbono e hidrógeno en su estructura. El efecto de los desinfectantes inorgánicos depende de su grado de ionización en el agua.

Los álcalis y los ácidos pertenecen al grupo de los compuestos inorgánicos. Estos son desinfectantes de diversas concentraciones, tales como ácido sulfúrico, ácido clorhídrico, amoníaco, hidróxido de sodio e hidróxido de potasio, utilizados para fines de desinfección. Estos desinfectantes alcalinos o ácidos actúan sobre las proteínas y son destructivos para los microorganismos.

Los hidróxidos de metales y el hidróxido de amonio se denominan generalmente álcali. En la industria química, el término álcali se usa para hidróxido de sodio, carbonato de sodio, hidróxido de potasio, carbonato de potasio e hidróxidos y compuestos de carbonato de calcio, bario, magnesio y amonio. Los elementos de sodio y potasio, que constituyen aproximadamente el cinco por ciento del globo, son los más abundantes en metales alcalinos.

Todos estos compuestos químicos también se utilizan en la producción de agentes de limpieza y desinfectantes.

Los desinfectantes alcalinos también se analizan en los laboratorios autorizados en el ámbito de los análisis físicos y químicos de los desinfectantes. Estos laboratorios utilizan métodos de prueba y criterios de prueba aceptados en todo el mundo en sus estudios y se basan en estándares emitidos por organizaciones locales y extranjeras.