Ένας αριθμός απολυμαντικών ουσιών διασπά τις πρωτεϊνικές ουσίες και τα ένζυμα θρομβώνοντας ή διαταράσσοντας την οργανική δομή τους. Φυσικά, τα κύτταρα πεθαίνουν σε αυτή την κατάσταση. Τα απολυμαντικά που περιλαμβάνονται σε αυτή την ομάδα περιλαμβάνουν αλκάλια και οξέα.

Ορισμένα απολυμαντικά προσκολλώνται στα ένζυμα των μικροοργανισμών και αλλάζουν τη χημική δομή και τις δραστηριότητες αυτών των ενζύμων και τα καθιστούν μη λειτουργικά. Σε αυτή την περίπτωση, ο μεταβολισμός του μικροοργανισμού διακόπτεται και τα κύτταρα πεθαίνουν. Τα απολυμαντικά που περιλαμβάνονται στην ομάδα αυτή περιλαμβάνουν επίσης βαρέα μέταλλα, άλατα, οξειδωτικούς παράγοντες και απορρυπαντικά καθώς και αλκαλικές ουσίες.

Τα απολυμαντικά χωρίζονται σε δύο μέρη ως οργανικά και ανόργανα απολυμαντικά με βάση τη χημική τους δομή. Η επίδραση των οργανικών απολυμαντικών αυξάνεται σε άμεση αναλογία με τον αριθμό άνθρακα και υδρογόνου στη δομή τους. Η επίδραση των ανόργανων απολυμαντικών εξαρτάται από το βαθμό ιονισμού τους στο νερό.

Τα αλκάλια και τα οξέα ανήκουν στην ομάδα ανόργανων ενώσεων. Πρόκειται για απολυμαντικά διαφόρων συγκεντρώσεων, όπως το θειικό οξύ, το υδροχλωρικό οξύ, η αμμωνία, το υδροξείδιο του νατρίου και το υδροξείδιο του καλίου, που χρησιμοποιούνται για σκοπούς απολύμανσης. Αυτά τα αλκαλικά ή όξινα απολυμαντικά δρουν στις πρωτεΐνες και καταστρέφονται σε μικροοργανισμούς.

Τα υδροξείδια των μετάλλων και του υδροξειδίου του αμμωνίου αναφέρονται γενικά ως αλκάλια. Στη χημική βιομηχανία, ο όρος αλκάλι χρησιμοποιείται για υδροξείδιο του νατρίου, ανθρακικό νάτριο, υδροξείδιο του καλίου, ανθρακικό κάλιο και υδροξείδια και ανθρακικές ενώσεις του ασβεστίου, του βαρίου, του μαγνησίου και του αμμωνίου. Τα στοιχεία νατρίου και καλίου, που αποτελούν περίπου το 5% του πλανήτη, είναι τα πιο άφθονα στα αλκαλικά μέταλλα.

Όλες αυτές οι χημικές ενώσεις χρησιμοποιούνται επίσης στην παραγωγή καθαριστικών και απολυμαντικών.

Τα αλκαλικά απολυμαντικά αναλύονται επίσης στα εξουσιοδοτημένα εργαστήρια στο πλαίσιο των φυσικών και χημικών αναλύσεων των απολυμαντικών. Τα εργαστήρια αυτά χρησιμοποιούν στις μεθόδους δοκιμών και τα κριτήρια δοκιμών που είναι αποδεκτές παγκοσμίως στις μελέτες τους και βασίζονται σε πρότυπα που εκδίδονται από τοπικούς και ξένους οργανισμούς.