Οι αναερόβιοι μικροοργανισμοί απαιτούν ειδικές καιρικές συνθήκες για την ανάπτυξή τους. Οι περισσότεροι από αυτούς τους μικροοργανισμούς δεν απαιτούν οξυγόνο στο περιβάλλον για την ανάπτυξή τους. Ωστόσο, ένα μικρό μέρος αυτών χρησιμοποιεί μια ορισμένη ποσότητα οξυγόνου. Αναερόβια βακτήρια βρίσκονται στη φυσιολογική βακτηριακή χλωρίδα ανθρώπων και ζώων.

Αν και είναι πολύ σημαντικές όσον αφορά την υγιεινή των τροφίμων, τα αναερόβια βακτηρίδια δεν έχουν δοθεί μέχρι τώρα και έχουν μελετηθεί κυρίως αερόβιοι μικροοργανισμοί. Ωστόσο, ειδικά τα τελευταία χρόνια, τα αναερόβια βακτηρίδια έχουν γίνει πιο γνωστά και η σημασία που τους δόθηκε έχει αυξηθεί.

Μεταξύ των αναερόβιων βακτηριδίων, τα είδη clostridium είναι σημαντικά για τη μικροβιολογία τροφίμων. Ενώ οι δομές, οι αντιδράσεις και η φυσική συμπεριφορά των αναερόβιων μικροοργανισμών παρουσιάζουν σημαντικές αλλαγές, όλοι έχουν κοινό ότι χρειάζονται ένα αναερόβιο περιβάλλον για την ανάπτυξη και την ανάπτυξή τους.

Τα αναερόβια βακτήρια ταξινομούνται γενικά ως: αναερόβια αρνητικά κατά Gram βακίλους, αναερόβιους gram-αρνητικούς κόκκους, αναερόβιους γραμμο-θετικούς βακίλους και αναερόβιους θετικούς κατά gram cocci. Σε κάθε ομάδα υπάρχουν διαφορετικοί τύποι βακτηρίων.

Οι περιβαλλοντικές συνθήκες επηρεάζουν την παρουσία και τη δραστηριότητα των βακτηρίων σε ένα περιβάλλον. Το οξυγόνο, η θερμοκρασία, η οξύτητα (τιμή pH), η υγρασία και η πίεση είναι αποτελεσματικά στην ανάπτυξη βακτηρίων. Ο σημαντικότερος παράγοντας στην ανάπτυξη των βακτηρίων είναι το οξυγόνο. Τα βακτήρια χωρίζονται σε τέσσερις ομάδες ανάλογα με τις ανάγκες τους για οξυγόνο. Τα αεροπλάνα πρέπει να βρίσκονται σε οξυγονωμένο περιβάλλον (π.χ. βακτήρια οξικού οξέος) ώστε να πολλαπλασιάζονται και να ευδοκιμούν. Τα αναερόβια δεν πολλαπλασιάζονται σε περιβάλλον οξυγόνου (για παράδειγμα, βακτήρια του γένους Clostridium). Τα προαιρετικά αναερόβια μπορούν να αναπτυχθούν και να αναπτυχθούν σε οξυγονωμένο ή μη οξυγονωμένο περιβάλλον (όπως βακτήρια γαλακτικού οξέος). Τα μικροαερόφιλα μπορούν να αναπαραχθούν παρουσία πολύ μικρού οξυγόνου.

Σε προηγμένα εργαστήρια, διεξάγονται αναλύσεις για τον προσδιορισμό του αριθμού αναερόβιων βακτηρίων στο πλαίσιο μικροβιολογικών αναλύσεων. Κατά τη διάρκεια αυτών των μελετών τηρούνται οι σχετικές νομικές διατάξεις και τα πρότυπα που εκδίδονται από εγχώριους και ξένους οργανισμούς.