Υπάρχουν πολλοί λόγοι για να διατηρηθεί η ανάπτυξη των μικροοργανισμών υπό έλεγχο. Ενώ μερικές από αυτές προκαλούν ασθένειες σε ανθρώπους και ζώα, κάποιοι χρησιμοποιούν διαφορετικές οργανικές ουσίες και προκαλούν την επιδείνωση τους. Μια ποικιλία χημικών ουσιών χρησιμοποιείται για τον έλεγχο των μικροοργανισμών και την πρόληψη της δραστηριότητάς τους. Ωστόσο, μερικές από αυτές τις χημικές ουσίες είναι αποτελεσματικές σε μικροοργανισμούς και μερικές από αυτές βλάπτουν τα ανθρώπινα και ζωικά κύτταρα. Ο στόχος είναι να καταστραφεί ή να σταματήσει η ανάπτυξη επιβλαβών μικροοργανισμών.

Ειδικά σε ιχθυοτροφικές εκμεταλλεύσεις, χρησιμοποιούνται για το σκοπό αυτό ορισμένα απολυμαντικά. Αυτά τα απολυμαντικά είναι αποτελεσματικά σε μικροοργανισμούς με διαφορετικούς τρόπους ανάλογα με το περιεχόμενό τους. Πολλά από τα απολυμαντικά που δρουν στο νουκλεϊκό οξύ στο κύτταρο είναι χρωστικές που χρησιμοποιούνται στη μικροβιολογία. Πράσινο μαλαχίτη, κρυσταλλικό ιώδες και λαμπερό πράσινο είναι οι κορυφαίες χρωστικές ουσίες. Αυτές οι βαφές, όταν συνδυάζονται με νουκλεϊνικά οξέα, σχηματίζουν νέες ενώσεις και απολυμαίνουν τις δραστηριότητές τους διακόπτοντας τη δραστηριότητά τους.

Στο εργαστήριο μικροβιολογίας, γενικά, βαφές διαφόρων χαρακτήρων χρησιμοποιούνται για διαφορετικούς σκοπούς, όπως η χρώση μικροβίων, ο προσδιορισμός της αντοχής μικροβίων ή η προετοιμασία εκλεκτικών μέσων. Το πράσινο Brillant είναι ένα από τα πιο χρησιμοποιημένα χρώματα. Τα θετικά κατά Gram βακτήρια είναι πιο ευαίσθητα στις βαφές από τα Gram-αρνητικά βακτηρίδια.

Στα εργαστήρια, διεξάγονται αναλυτικές αναλύσεις χρωματιστών πράσινων χρωστικών ουσιών σε χημικά προϊόντα στο πλαίσιο των χημικών δοκιμών. Όπως και στην ανάλυση άλλων χρωμάτων, η μέθοδος LC-MS / MS χρησιμοποιείται γενικά σε αυτές τις αναλύσεις. Αυτή η μέθοδος μπορεί να περιγραφεί σύντομα ως υγρή χρωματογραφία - φασματομετρία μάζας. Η βάση είναι να συνδυαστούν οι δυνατότητες ανάλυσης μάζας του φασματόμετρου μάζας με τις φυσικές ιδιότητες διαχωρισμού της υγρής χρωματογραφίας. Αυτή η τεχνική είναι μια υψηλής ακρίβειας και ισχυρή τεχνική που χρησιμοποιείται σε πολλές αναλύσεις. Στην πράξη, τα αποτελέσματα αποκτώνται ακόμη και με την παρουσία άλλων χημικών ουσιών και οι μελέτες βασίζονται σε πρότυπα που εκδίδονται από εγχώριους και ξένους οργανισμούς.