Die mikrobiologische Qualität von Obst- und Gemüsekonserven hängt direkt von den Eigenschaften der Roh- und Zusatzstoffe sowie den Lager- und Transportbedingungen ab. Die Mikroorganismen im Rohmaterial werden während der Vorbereitungen wie Waschen, Schälen und Verbrühen vor der bei der Herstellung von Konserven angewandten Wärmebehandlung erheblich zerstört. Wenn jedoch die Wärmebehandlung verzögert wird, können sich die Mikroorganismen während des Halteschritts vermehren. Saubere und unhygienische Werkzeuge und Materialien sowie in der Produktion verwendete Additive sind ebenfalls wichtige Ursachen für Kontaminationen.

In der Dose vermehrte Mikroorganismen können das Lebensmittel beschädigen. Wenn die Verschlechterung durch einen gasförmigen Mikroorganismus verursacht wird, schwellen die oberen und unteren Deckel der Dose an. Dies nennt man Bombenangriffe. Solche Lebensmittel sind abgebaut und unerschöpflich. Wenn jedoch die Verschlechterung aufgrund eines nicht gasförmigen Mikroorganismus auftritt, ändert sich das äußere Erscheinungsbild der Dose trotz der Verschlechterung des Lebensmittels nicht. In diesem Fall wird eine Verschlechterung festgestellt, wenn die Schachtel geöffnet wird. Diese Art der Verschlechterung wird als Flat-Sour oder Flat-Souring bezeichnet. Im Allgemeinen werden diese Schäden durch sporenthermophile Bakterien verursacht.

Die Nahrung in der Dose wird durch die Milchsäure, die von den Mikroorganismen gebildet wird, sauer. Diese Beeinträchtigungen treten häufig bei Bohnen, Erbsen und Mais in Dosen auf. Der Abbaufaktor ist Bacillus. Auch bei Tomatenkonserven und Tomatensäften ist eine schonende Sauerung zu beobachten. Der Verschlechterungsfaktor ist in diesem Fall das Bazillus coagulans-Bakterium, ein fakultativer thermophiler Mikroorganismus.

Daher werden thermophile Bakterien bei der Herstellung von Konserven im Lebensmittelbereich besonders hervorgehoben. Diese Bakterien bilden aus Kohlenhydraten Säure ohne Gasbildung. Die erzeugte Säure hemmt jedoch auch ihre Entwicklung und stoppt ihre Aktivitäten nach einer Weile.

In fortgeschrittenen Laboratorien werden im Rahmen der mikrobiologischen Analyse Flat-Sour, dh die Anzahl der Bakterien für Flat-Souring-Studien werden durchgeführt. Diese relevanten Standards und Analysemethoden werden eingehalten.